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Booking

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Bevor Sie CALM Mikroskope buchen können, müssen Sie erst an dem jeweiligen Instrument unterwiesen werden. Die unten stehende Person helfen Ihnen mit der Einweisung und technischen Fragen.

Als Nutzer eines CALM Mikropskops, müssen Sie alle technischen Pobleme, die vor oder während Ihrer Sitzung auftreten, melden. Die unten genannte Person kann IIhnen ebenfalls dabei helfen.

Wenn Sie einen Buchungs-Account benötigen, unterschreiben Sie bitte die Nutzungsbedingungen und schicken diese ausgedruckt oder als Scan an Andreas Maiser - BioSysM Mikroskope oder Alexandra Vilceanu - Biozentrum Mikroskope)

Nutzungsbedingungen

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Kontaktperson für Fragen über genetisch modifizierte Organismen

Als Nutzer von CALM Mikroskopen, müssen sie gentechnische Aufzeichungen bereitstellen, wenn die folgenden zwei Bedingungen erfüllt sind:

1. Sie wollen Bilder von lebenden Organismen, die genetisch modifiziert sind (Sicherheitslevel S1), erstellen.
2. Die Mikoskope, die Sie benutzen möchten, sind in einer gentechnischen Anlage, die sich von der gentechnischen Anlage unterscheidet, in der Sie sonst mit den Organismen arbeiten.

Wenn beide Bedingungen erfüllt sind oder Sie sich nicht sicher sind, kontaktieren Sie bitte die Person, die hinter dem jeweiligen Mikroskop steht. Bitte beachten Sie, dass die Handhabung von Organismen mit Sicherheitsstufe S2 oder höher oder primäres menschliches Material in allen CALM Räumen strengstens untersagt ist.

Geräte beim BioSysM

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Kontaktpersonen für Briefung, technische Fragen und Problemreport

Nikon Spinning Disk / Operetta / InViSPIM - Hartmann Harz

Delta Vision Personal (OMX) / PDV - Andreas Maiser

STED - Gabriela Stumberger

SP8 - Christophe Jung

LSM 710

Geräte beim Biozentrum

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Kontaktpersonen für Briefing, technische Fragen und Problemreport

SP5-2 & Stellaris - Alexandra Vilceanu

Stellaris 2 - Hans-Henning Kunz, Susanne Mühlbauer

Einführung für neue Benutzer Stellaris 2: Jeden ersten Freitag des Monats

IT Strategi bei CALM

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Moderne Mikroskope können große Mengen von Daten produzieren (Hunderte von Gigabytes bishin zu Terabytes), das Handling wird meist zum Engpass in bildgesteuerten wissenschaftlichen Projekten. dementsprechend bieten wir Werkzeuge zur verfügung, mit denen Daten für interne und externe Nutzende zugänglich gemacht, Datensätze mittels fortschrittlicher Verarbeitungsroutinen analysiert und reduziert, sowie Rohdaten archiviert werden können, während wir versuchen, Engpässe zu reduzieren, die beispielsweise durch Analysen auf Mikoskop-Steuerungsarbeitsplätzen entstehen.

Mikroskop-Arbeitsplatz-Konfiguration

• Die Mikroskoparbeitsplätze bei CALM sind für Datenerhebungen ausgelegt
• Langzeitspeicher und Datenanalyse bei den Erhebungsplätzen wird abgelehnt
• Die Arbeitsplätze sind mit dem BioSysM LAN via Gigabit oder 100 GiB (Spinning disk und Light sheet Mikroskope) Ethernet verbunden

Datentransfer

• Daten werden von den Mikroskopplätzen so schnell wie möglich übertragen
• Die Nutzung von USB Sticks wird aus Sicherheitsgründen abgelehnt, Daten werden über das Netzwerk übertragen
• Daten können über interne oder externe Speicher Server über SFTP übertragen werden
• Für externe Nutzer bieten wir auch an, die Daten über den eigenen Cloud Server des Biologie Departments zugänglich zu machen
• Große Datenätze (10 GB-TB) können können vorübergehend auf einem 100 TB Speicher von CALM gespeichert werden
• In berechtigten Fällen bieten wir Speicherplatz von Rohdaten auf dem Petabyte-Band Speichersystem des LRZ für 10 Jahre

Datenanalyse Einheiten

• Grundsätzlich empfehlen wir die Nutzung von Open Source Analyse Tools wie ImageJ/Fiji und Python
• Für kleine Datensätze (MB-10GB), wird von Nutzenden erwartet, dass sie die Daten bei ihren eigenen Arbeitsplätzen analysieren
• Wenn nötig, kann die Image Workstation von CALM für diesen Zweck genutzt werden
• Für große Datenmengen (10GB-TB) oder rechenintensive Aufgaben, haben wir spezielle Compute Server bei CALM (einer davon mit leistungsstarken GPUs für Beschleunigung der Aufgaben wie Machine Learning)
• Große Rohdatenmengen sollten nach der Analyse archiviert werdem reduzierte Versionen können nutzbar gemacht werden mittels SFTP oder ownCloud)